夫妻雙方公積金貸款還款按以下程序扣：

1、如果夫妻雙方公積金賬戶都辦理公積金代扣業(yè)務(wù)，以一方公積金賬戶為主扣款帳戶，當(dāng)主扣款帳戶扣款后還不足以償還當(dāng)月應(yīng)還貸款本息時(shí)，就再扣另一方公積金賬戶余額。

2、如果夫妻倆公積金賬戶余額累計(jì)不足以償還當(dāng)月應(yīng)還貸款本息時(shí)，就不再“代扣”，委托人應(yīng)在每月還款日前向還款儲(chǔ)蓄帳戶（申請(qǐng)貸款時(shí)提供的）存入能夠按月足額劃轉(zhuǎn)的資金。

3、另外，申請(qǐng)多少額度，如果按單職工的額度申請(qǐng)的話（不超過40萬），不會(huì)有影響，如果按雙職工額度（40~70萬）申請(qǐng)則不能通過貸款審核。