1、一般情況下水垢的主要成分是鈣鎂離子與酸根離子（大多數是碳酸根CO3 2-），它形成的難溶鹽，加入食醋就是加入了乙酸（CH3COOH），也就是加入了水合氫離子（H3O+），水合氫離子有極強的氧化性，可以將難溶鹽中的金屬部分轉化為陽離子，然后自身和碳酸根離子結合形成碳酸氫根離子和碳酸。
2、碳酸是弱酸，而且用食醋除水垢時候要加熱，所以碳酸變成水和二氧化碳放掉了。即2CH3COOH+CaCO3=（CH3COO）2Ca+H2O+CO2↑，其中（CH3COO）2Ca溶于水，CO2是氣體逃逸出去，水垢就能夠去除了。