1、形態(tài)不同。

裸子植物：種子裸露，沒有皮包裹，裸子植物它們有胚珠（不同于蕨類植物門），但心皮不包成子房，且胚珠裸露，胚乳（即雌性原葉體）在受精前已形成（不同于被子植物門）。

被子植物：被子植物種子是由果皮包裹著的。

2、種子胚數(shù)不同。

被子植物種子內(nèi)通常只有一個胚，裸子植物大多數(shù)種子內(nèi)有強(qiáng)烈的多胚現(xiàn)象。

3、花不同。

裸子植物，有孢子葉球，而無真正的花。

被子植物，具有真正的花，被子植物在形態(tài)上具有不同于裸子植物所具有的孢子葉球的花。