1、真核細胞型微生物

2、原核細胞型微生物

3、非細胞型微生物

真核細胞型微生物 細胞核的分化程度較高，有核膜、核仁和染色體；胞質(zhì)內(nèi)有完整的細胞器（如內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、核糖體及線粒體等）。真菌屬于此類型微生物。

原核細胞型微生物 細胞核分化程度低，僅有原始核質(zhì)，沒有核膜與核仁；細胞器不很完善。這類微生物種類眾多，有細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體和放線菌。

非細胞型微生物 沒有典型的細胞結(jié)構(gòu)，亦無產(chǎn)生能量的酶系統(tǒng)，只能在活細胞內(nèi)生長繁殖。病毒屬于此類型微生物。